期刊简介

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  • 杂志名称:海南医学杂志
  • 主管单位:海南省卫生厅
  • 主办单位:海南省医学会
  • 国际刊号:1003-6350
  • 国内刊号:46-1025/R
  • 出版周期:半月刊
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海南医学杂志2018年第07期

广州管圆线虫钙网蛋白超家族结构和功能的生物信息学分析

劳甜甜;朱晨陆;崔伟乐;武其嘉;罗琳平;芦亚君;李丽花

关键词:广州管圆线虫, 钙网蛋白, 生物信息学分析
摘要:目的 应用生物信息学技术预测广州管圆线虫钙网蛋白(CRT)的结构和功能,为进一步研究广州管圆线虫提供理论依据.方法 于NCBI PROTEIN数据库中确定广州管圆线虫钙网蛋白的氨基酸残基序列.应用分析工具Blast、Protparam、InterProScan、protscale、SignalP-3.0、PSORTⅡ、BepiPred、TMHMM、VectorNTI Suite 11软件包、Phyre2分别进行该蛋白质的基本性质、结构域、疏水性、信号肽、亚细胞定位、抗原表位、跨膜区及空间结构的预测及分析.结果 Blast预测该蛋白为钙网蛋白,有401个氨基酸残基,理论分子量为46552.67 Da,具有钙网蛋白超家族结构域,为亲水蛋白,具有明显的信号肽和1个跨膜螺旋,具有9个B细胞抗原表位,二级结构含6个α-螺旋和18个β-折叠股.结论 钙网蛋白与广州管圆线虫的感染免疫密切相关,可参与感染过程或宿主免疫应答,具有作为诊断抗原分子的价值和潜在的疫苗候选分子.